Abcesul cerebral poate fi cauzat de o infectie bacteriana, fungica sau parazitara. Dintre bacterii, streptococii sunt cei mai frecvent intalniti, de obicei in combinatii cu germeni anaerobi. Tipul de microb implicat depinde de punctul de plecare. Astfel, in cazul traumatismelor, sunt frecvent implicati stafilococii, in cele cu punct de plecare otic, apar frecvent germeni enterici iar, in cele cu punct de plecare pulmonar, se intalnesc de obicei streptococi. Aparitia abcesului cerebral este favorizata de anumite conditii patologice: bolile congenitale cardiace, infectia HIV, transplantul de organ etc.